Добрый день!
Цитата: Ведь у нас в 3 и 4 кварталах не было доходов.
Ваша основная ошибка в том, что вы не правильно обозначаете отчетные (расчетный) периоды по УСН.
Вы не платили авансовый платеж за 2 квартал, а платили авансовый платеж за полугодие.
Цитата: 1. Налоговым периодом признается календарный год.2.Отчетными периодами признаются первый квартал, полугодие и девять месяцев календарного года.
Т.е. авансовый платеж платится по итогам 1 квартала, полугодия, 9 месяцев. Налог за год.
Цитата: 3.1 ----------Индивидуальные предприниматели, выбравшие в качестве объекта налогообложения доходы и не производящие выплаты и иные вознаграждения физическим лицам, уменьшают сумму налога (авансовых платежей по налогу) на уплаченные страховые взносы в Пенсионный фонд Российской Федерации и Федеральный фонд обязательного медицинского страхования в фиксированном размере
Рассматриваем на примере:
Доход за 1 квартал - 884 000
Доход за 2 квартал - 150 000
Доход за 3 квартал - 0
Доход за 4 квартал - 0
Пусть 20.03.2016 - уплачено страховых взносов на 6000, и 21.06.2016 - 5000 рублей.
Рассчитываем авансовый платеж по УСН:
за 1 квартал - 884 000*6% - 6000 = 47 040 к уплате в срок до 25.04.2016
за полугодие (884 000 +150 000)*6% - (6000+5000) - 47 040 = 4 000 к уплате в срок до 25.07.2016
за 9 месяцев (884 000 +150 000+0)*6% - (6000+5000) - (47 040+4000) = 0
5 декабря уплатили страховых взносов - 6000
Налог за год: (884 000 +150 000+0+0)*6% - (6000+5000+6000) - (47 040+4000) = - 6000 к возврату из бюджета
Цитата: Но платить нам приходится не с доходов, а с товарооборота.
Платите то вы как раз с дохода. Только нужно понимать, что под понятием "доход" в той или иной ситуации скрываются разные явления. Применимо к УСН понятие "доход" определено в статье 346.15 НК РФ.
Цитата: Так как я поняла налоговая, считает всю сумму, которая падает на расч.счёт как доходи с неё надо платить 6%.
Не верно поняли.
На расчетный счет могут вернуться деньги из бюджета, ваши поставщики могут вернуть деньги по не выполненным сделкам.
Вы не работаете с наличкой? Потому что, доходом являются так же поступившие наличные деньги за выполнение работ, оказание услуг, проданный товар. Еще доходом является взаимозачет и т.д.